Starcraft II là phiên bản tiếp theo của loạt game StarCraft, cốt truyện của Starcraft sẽ nối tiếp cốt truyện của StarCraft: Brood War. Dưới đây là 1/6 cốt truyện của phần chơi Campaign phe Terran đã được Blizzard công bố:
Từ nhiều thế kỷ trước đây, bốn tàu chở tù nhân từ Trái Đất đã rơi xuống 3 hành tinh trong khu vực Koprulu Sector ở ngoài xa trong vũ trụ. Tại nơi đây, những viên gạch đầu tiên của liên bang Terran đã được đặt nền móng và một tổ chức lãnh đạo - Confederacy - nhanh chóng được hình thành..
Tuy nhiên, cách cai trị hà khắc của Confederacy khiến cho những lực lượng khởi nghĩa nhanh chóng được thành lập với mục đích lật đổ bộ máy cai trị trên Koprulu Sector. Nổi bật lên trong số đó là tổ chức Son of Korhal được lãnh đạo bởi Arcturus Mengsk. Tuy nhiên, đó vẫn chưa phải là mối hiểm họa lớn nhất lúc này của Terran Confederacy.
Bất ngờ xuất hiện từ không gian, một chủng loài đến từ ngoài hành tinh, tự xưng là Protoss đã sử dụng các đại chiến hạm tấn công phá nát bề mặt hành tinh Chau Sara rồi biến mất. Cùng lúc đó, hành tinh này đang bị xâm chiếm bởi loài quái vật Zerg. Chúng nhanh chóng chiếm lấy cả hành tinh nhờ một số lượng cực lớn và bắt đầu đặt chân lên cả những hành tinh lân cận như Mar Sara.
Lực lượng của Jim Raynor may mắn được phe Sons of Korhal cứu thoát, không bị nhấn chìm bởi loài Zerg. Từ đó, con người này gia nhập vào phe khởi nghĩa và bắt đầu gặp gỡ với Sarah Kerrigan, một điệp viên Ghost. Họ cùng có chung mục đích thay đổi khu vực Koprulu Sector. Sau những trận chiến, họ càng trở nên gần nhau hơn.
Thế nhưng, lòng hận thù và tham vọng của Mengsk đã thôi thúc lão âm mưu kéo loài Zerg tới phá hủy toàn bộ hành tinh Tarsonis - trung tâm của Terran Confederacy. Phán quan Tassadar của người Protoss quyết định đem quân tới tiếp viện cho phe Terran để chiến đấu với loài Zerg nhưng lại bị chặn bởi lực lượng của Kerrigan. Mengsk không muốn để người Protoss can thiệp vào cuộc trả thù này
Thế nhưng, sau cùng, Kerrigan lại bị bỏ lại một mình và bị bao vây bởi loài Zerg. Biết được điều này, Jim Raynor vô cùng tức giận, anh ta từ bỏ hàng ngũ của Sons of Korhal và lao đi giải cứu Kerrigan. Tuy nhiên, cô đã biến mất không để lại dấu vết.
Sau khi bị bán đứng và bị nhấm chìm trong biển Zerg ở Tarsonis, Kerrigan được chuyển đến hành tinh Char và tại đây, cô đã trải qua một quá trình tiến hóa để trở thành Queen of Blades. Với sức mạnh tâm linh của loài người, Kerrigan trở thành cánh tay phải của Overmind - thống lĩnh loài Zerg.
Khi đó, một chủng tộc Protoss thứ 2 - Dark Templar - bắt đầu xuất hiện. Dưới sự dẫn dắt của thủ lĩnh Zeratul, họ sử dụng chiến lược tấn công bí hiểm và năng lượng của the Void quyết tiêu diệt tận gốc loài Zerg. Sau này, Zeratul cùng với phán quan Tassadar - người thống lĩnh đội quân từ Aiur - đã cùng chiến đấu để tiêu diệt loài quái vật Zerg trước khi chúng nhấn chìm cả giải ngân hà.
Thế nhưng, trong một lần tiếp xúc với Overmind, kí ức về hành tinh Aiur - quê hương của người Protoss - của Zeratul đã bị lộ. Loài Zerg thèm khát sức mạnh tâm linh của người Protoss lập tức đổ bộ lên Aiur trong khi để Kerrigan lãnh đạo một nhóm quân cầm chân Zeratul và Tassadar tại Char.
Trong một trận quyết tử với loài Zerg, phán quan Tassadar đã sử dụng những kiến thức về năng lượng của người Dark Templar và tập trung tất cả sức mạnh vào chiến thuyền Carrier của mình và lao thẳng Overmind. Mặc dù tàn quân của Zerg trên Aiur đã bị yếu đi nhưng giờ đây người Protoss đã chẳng còn quê hương và buộc phải lánh nạn đến Shakuras - nơi ở của người Dark Templar.
Trong khi đó, Arcturus Mengsk sau khi tiêu diệt được Confederacy đã thành lập một chính quyền mới - Terran Dominion - và tự phong làm hoàng đế. Trong nhiều năm, Dominion nhanh chóng bành trướng và trở thành một thể chế băng hoại chẳng kém gì Confederacy trước đây.
Jim Raynor mang mối thù của Kerrigan rất muốn tiêu diệt Mengsk nhưng mục đích đó ngày càng trở nên xa vời bởi thế lực của Dominion không hề dễ đối phó.